נושא השימוש בחומרי הדברה הנו רגיש ביותר שכן עליו לאזן בין דרישות הצרכן לרכוש ולאכול מזון בריא שאינו מכיל חומרי הדברה ובין צרכי החקלאי לייצר כמויות גדולות ככל הניתן של תוצרת ראויה לשיווק ולייצוא, ללא פגעים ופגמים.
גידול אינטנסיבי של ירקות באופן אורגני לחלוטין ללא שימוש בחומרי הדברה יגרום לפסילת אחוז ניכר מהתוצרת לשיווק לא כל שכן לייצוא לשווקי אירופה שם הקריטוריונים מחמירים פי כמה.
מאידך, שימוש יתר בחומרי הדברה ימנע פגיעת מזיקים בתוצרת אך יותיר שאריות של חומרי הדברה בירקות ובפירות ויהפוך אותם ללא ראויים לשיווק. בהמשך נדון בקריטוריונים של כל שוק למציאת שאריות חומרי הדברה.
על החקלאי לאזן בין האינטרס הכלכלי שלו לייצר כמות מקסימאלית של תוצרת משטח והשקעה נתונים אל מול נושא בריאות הציבור. חשוב לציין כי לא משאירים קבלת החלטות אלו בידיהם של המגדלים ונערך מעקב ובדיקות בנושא.
הסיכון במציאת שאריות חומרי הדברה ופסילת כל התוצרת של המגדל מהווה אמצעי הרתעה יעיל. החקלאים מודעים לרמת הסף של חומרי ההדברה המותרים בתוצרת (רמה זו נקראת בשם "תוית"). יש לציין כי ברוב המכריע של הגידולים, התוית מציינת ערכים מספיק גבוהים בכדי לאפשר לקחלאי שימוש מספיק בחומרי הדברה ללא חשש לפסילה. קיימים סוגי גידולים בהם לא הוגדרה תוית כלשהי.
בירקות ופירות המיועדים לייצוא אף נערך מעקב שוטף אחרי השימוש בחומרי הדברה וכל חקלאי חייב לנהל יומן המפרט את כמויות חומרי ההדברה בהם השתמש, ריכוזם ומועדי השימוש, לרבות מועד השימוש האחרון וזאת בכדי להבטיח זמן מספיק לצורך פירוק ושטיפת החומרים מהצמח טרם הגעתו לשווקים.
על התוצרת לייצוא לעמוד בקריטוריונים בין לאומיים לנושא שאריות חומרי הדברה ועל כן קיימת הקפדה יתרה בנושא. הבדיקות המבוצעות לתוצרת זו כוללות מלבד המעקב של החקלאי עצמו גם בדיקות מעבדה מדגמיות. חשוב לציין כי בשנים האחרונות לא נתפסו ירקות לייצוא בהם קיימת חריגה מעבר לתוית המאושרת.
קיימים הבדלים ניכרים בסטנדרט התוצרת המיועדת לייצוא אל מול זו של השוק המקומי. ההבדלים נובעים בשל פער המחירים בין תוצרת לשוק המקומי ותוצרת לייצוא. פער זה הופך את הקמתם של בתי אריזה מתקדמים ושימוש בטכנולוגיות חקלאיות נוספות ללא כידאי כאשר מדובר בשוק המקומי.
כיום מושקע מאמץ רב בהטמעת סטנדרטים גבוהים בנושא השימוש בחומרי הדברה גם לשוק המקומי בעיקר בצמחי תבלין וירקות עליים.